Tờ báo đã đoạt vài giải thưởng. Nó đã đoạt giải Pulitzer hai lần, một lần vào năm 1986 vì các bài báo về tham nhũng chính trị trong chính quyền Ferdinand Marcos tại Philippines, và lần thứ hai vào năm 1990 vì các bài báo toàn diện về động đất Loma Prieta 1989. Phó biên tập viên David Yarnold vào vòng chung kết cho giải Pulitzer năm 2004 vì nghiên cứu về tham nhũng địa phương.[72] Tờ Mercury News cũng được liệt kê trong danh sách năm tờ báo có thiết kế đẹp nhất trên thế giới của Hiệp hội vì Thiết kế Tin tức (Society for News Design) vì các thiết kế năm 2001.

Trang Web của Mercury News đoạt giải EPpy các năm 1996, 1999, 2009, 2013, và 2014.[73]